N6-methyladenosine(m6A)is the most abundant RNA modification in mammalian cells and the best-studied epi- transcriptomic mark.Despite the development of various tools to map m6A,a transcriptome-wide method that enables ab- solute quantification of m6A at single-base resolution is lack- ing.Here we use glyoxaland nitrite-mediated deamination of unmethylated adenosines(GLORI)to develop an absolute m6A quantification method that is conceptually similar to bisulfite-sequencing-based quantification of DNA 5-methyl- cytosine.We apply GLORI to quantify the m6A methylomes of mouse and human cells and reveal clustered m6A modifica- tions with differential distribution and stoichiometry.In addi- tion,we characterize m6A dynamics under stress and examine the quantitative landscape of m6A modification in gene ex- pression regulation.GLORI is an unbiased,convenient method for the absolute quantification of the m6A methylome.

面向肝癌早筛早诊、复发转移预警、干预新策略等亟需解决的 难题，聚焦“循环源标志物与肝癌精准诊疗关键技术”这一重要科 学问题，重点围绕肿瘤分子数据科学、肿瘤液体活检新技术、肿瘤 类器官临床前模型、先进材料与肿瘤干预新策略等方面开展了系列 研 究 。 (1)发现新型肝癌标志物：构建肝癌专病单细胞信息数据库，研究 肝癌转变临界期的关键改变；单细胞结合多组学技术发现了肝癌早 筛早诊新型循环源标志物； (2)创立肝癌液体活检新方法：创建基于CTC异质性的肿瘤液体活检 新技术，建立基于 “CTC+” 策略液体活检新技术，早期预警肝癌 复发转移；建立了基于三维分层多孔微流芯片的外泌体分子表型谱 的肝癌液体活检新技术； (3)发展了肿瘤类器官临床前模型：创新肿瘤组织源类器官快速构 建方法学，并成功构建肝癌患者外周血CTC源类器官，建立基于CTC 源类器官的下一代功能性伴随诊断模型，动态指导肝癌免疫治疗， 发展功能性肿瘤临床前模型。 (4)探究肝癌干预新策略：优化仿生纳米递送系统，靶向清除CTC、 抑制转移前微环境，为临床中晚期肝癌患者延长生存期、改善治疗 获益，提供了新思路。

随着测序技术的发展，生命科学研究正在从原来的以基因组为 代表的单一组学技术向多组学技术整合发展。尽管，以多组学技术 驱动的系统生物学研究正在改写生命科学及医学领域的研究范式， 但多组学技术的整合分析仍然无法深入微观领域、以分子和细胞的 视角探究生命及疾病的演进规律和内在机制。而随着单细胞及空间 多组学技术的不断革新，使得研究者们可以在定位分子及细胞的空 间位置的同时，在单个细胞精度下观察其结构、形态以及功能的变 化。华大自主研发的具有纳米级亚细胞分辨率和厘米级观察视场的 时空组学技术stereo-seq, 不但能准确反映原位细胞及亚细胞结构 的 分布特征，而且能够实时、直观的展现单个细胞内部转录组、蛋 白组、染色质可及性以及组蛋白修饰等一系列的多个组学信息，为 研究者们探查癌症组织内部的系统演化规律和细胞命运转变机制提 供了更加全面和便捷的工具。在未来，时空多组学技术在癌症研究 领域的广泛应用，将为癌症的精准治疗提供临床应用新范式，推动 生命科学研究领域进入下一个新的大发现时代。

核酸测序，本质上是一个化学测量学问题，即如何检测特定的 核酸种类以及排列的方式。如果考虑到还需要探求不同核酸分子( 例如信使RNA) 在生物体内的空间分布，更是一个结合了多个维度 检测需求的化学测量学问题。考虑到核酸分子的特殊性质，即它们 的序列可以被特异性地识别和复制，我们可以把这个化学测量问题 进一步提炼成一个信息获取问题。那么,如何利用最小的代价(最 少的化学反应步骤)来获取尽量多的信息呢?我将讨论一下我的课 题组在这个问题上的一些思考。

单细胞分析为细胞异质性研究提供了可靠、准确的研究方法和观测视野，为揭示生物发育规律、疾病发生发展机制等提供了重要的技术手段。基于单个组学包括基因组、转录组、表观遗传组、蛋白组、代谢组的研究方法推动了单细胞分析领域的迅猛发展。然而，细胞的表型及功能往往受到DNA、RNA、 蛋白质等的共同调控，单细胞的单维度分析结果难以提供全面的生物学信息。单细胞多组学、多时空维度分析可以从多个组学、组织微环境等层面全面揭示细胞异质性，并建立各组学间的相关性及并揭示细胞与微环境的相互作用机制，更加深入准确地揭示单细胞状态、生长过程及功能。本报告将介绍课题组在单细胞表观遗传修饰测序方法创新、时空多组学分析器件与仪器研制、生信算法开发及在肿瘤微环境解析应用等的初步进展。