中国是抗生素生产和使用大国。人畜抗生素使用及其粪污排放，以及药厂废水与药渣排放，造成流域水土环境抗生素和耐药基因污染，对生态环境和人体健康构成潜在威胁。由于污水直接排放或不完全去除，抗生素残留广泛检出于流域水环境，其浓度多为 ng/L 水平。流域水土沉积物中也检出ng/g, 有的高达数千ng/g。这样的浓度是否对环境细菌构成选择压力，水体中其他环境污染物如重金属、杀生剂是否参与协同耐药作用，都是有待研究的科学问题。流域水环境中检出到的各种耐药基因和耐药菌，是否受到抗生素等环境污染物的胁迫，促进耐药性进一步传播扩散，还是随时间消减消亡。由于污水回用、粪污入田或有机肥投入，其中所含抗生素和耐药基因也进入流域土壤环境，其土壤抗生素浓度高达mg/kg水平，它们与土壤生态系统发生相互作用，畜禽粪污施用对土壤耐药基因组的演化起重要作用。抗生素、耐药菌和耐药基因进入土壤环境后，将受土壤物理、化学和生物等环境因素影响，其环境归趋与效应仍然不清楚或有争议。