近30年来，围绕植物真菌致害与防控相关的基础理论研究与技术开发开展系统的基础研究，在稻瘟病菌致病机制、内生真菌免疫诱抗机制和远缘杂交创制抗病新种质三个方面取得显著成效。

一、围绕稻瘟病菌附着胞形成和细胞自噬分子机制开展研究，首次克隆了稻瘟病菌细胞自噬相关基因，证明了细胞自噬和致病性的关系，开创了植物病原真菌细胞自噬研究领域，成果发表在《Autophagy》等国际权威杂志上，并荣获2019年度浙江省自然科学奖一等奖（排名一），2016年度东南亚农业技术杰出成就奖（排名一），2013年度教育部自然科学奖二等奖（排名一）。

二、聚焦具有高定殖力、多效力、强持久力的植物内生真菌关键技术研发，原创性地研发了内生真菌增产免疫关键技术。建立了国内最大规模的植物内生真菌资源库，提出了利用内生真菌诱导水稻免疫防控稻瘟病的理论。自主研发了内生真菌高密度发酵技术，研制了木霉菌素杀菌剂、稻镰状瓶霉诱抗剂和麝香霉熏蒸剂等系列生物制剂和菌肥，创新了内生真菌绿色健苗技术、免疫诱抗技术和解毒降害技术。成果获得国家发明专利140余件，美国国际专利5件，8件核心专利完成成果转化5000万元。成果发表在《Cell Host & Microbe 》等期刊，荣获2022年度浙江省技术发明奖一等奖（排名一），2021年度中国生产力创新发展奖（排名一），2025年度中国发明协会创业创新奖一等奖（排名一）。

三、在远缘杂交创制抗病新种质方面，优化了基因组DNA花粉管导入技术，实现了水稻与玉米、高粱等禾本科植物的种间分子杂交，创制出高抗稻瘟病且优质高产的水稻新材料40余份，产量超1970公斤/亩。提出利用种间杂交选育水稻抗瘟品种的新理论，为水稻抗病品种选育、基因发掘和抗病机制研究提供了重要基础。