我国南海拥有极为丰富的珊瑚礁生态系统，其物种丰富度可以与珊瑚大三角相媲美。但是，受全球变化和人类干扰加剧的影响，南海珊瑚礁生态系统遭受了剧烈冲击，生物多样性水平正在发生着急剧变化，部分珊瑚礁甚至出现了生物多样性严重丧失的局面。据此，明确我国南海珊瑚礁生态系统生物多样性，揭示其演化、格局与维持机制，探究其在全球变化和人类干扰背景下的演变规律，对我国珊瑚礁生态系统的综合管理和保护至关重要。2022~2024年，项目团队多次组织南海珊瑚礁生态系统生物多样性综合科考航次，调查区域包含西沙、中沙、南沙群岛等离岸岛礁和海南本岛和广东省近海岸珊瑚礁和珊瑚群落。主要研究发现如下：（1）发表并描述了大量的南海新种和新记录种，丰富了我国南海海洋生物的物种多样性，构建南海珊瑚礁生物样本资源库。（2）在近岸和离岸珊瑚礁生态系统中影响物种多样性的主要因素存在不同，近岸是人类活动干扰，而离岸是全球气候变化；渔业活动和全球气温上升加剧了全球海洋鱼类群落特征转变，而全球气候变化导致的南海珊瑚礁退化则改变了礁栖鱼类群落结构和集群规模。（3）开展了珊瑚组学研究，克服珊瑚-虫黄藻-微生物功能共生体复杂性，创建直接利用珊瑚成体直接构建纯净基因组技术体系，突破了收集珊瑚配子困难对珊瑚基因组学研究的限制。（4）基于全球海洋动物遗传多样性分析，发现以南海（东沙、西沙、中沙和南沙群岛等中国南海岛礁区域）为代表的印-太交汇区是全球海洋动物遗传多样性最高的区域之一，是实现全球海洋生物多样性保护的重要保护优先区。上述研究结果将为我国南海生态安全及生物资源可持续利用等提供重要的理论依据，有助于尽快推进南海珊瑚礁海洋国家公园建设。