越来越多的证据表明，菌群失调造成内毒素入血引起的慢性炎症是推动肥胖、糖尿病等代谢疾病表型发展的重要致病因素之一。不合理的膳食结构会破坏菌群结构，将其从一个维护健康的“伙伴”，转变成引起慢性疾病的“病原物”。例如，我们从一个重度肥胖患者肠道里分离到一个占绝对优势且能产内毒素的条件致病菌（阴沟肠杆菌B29），单独接种到无菌小鼠中，可以引起严重的肥胖表型，包括炎症、胰岛素抵抗和脂肪过度积累等，表明肠道菌群的某些具体成员具有引发代谢疾病的能力。因此，在研究人体代谢表型组时，需要关注肠道菌群的贡献。通过对尿液的代谢组学分析可以表征人体的代谢表型特征；通过对粪便样品的元基因组学分析可以表征肠道菌群的功能基因组学特征，通过对这两个组学数据的全局性关联分析，可以找到对代谢表型有贡献的肠道细菌的基因组。通过膳食干预可以纠正或者修复失调的肠道菌群，有助于恢复健康。深入研究肠道菌群对人体代谢表型组的贡献对于揭示人体代谢疾病的发生机理、开发新的用于慢性病防治的新的营养干预方法具有重要意义。