胃肠道是机体消耗能量主要场所，胃肠道上皮细胞营养和微生物营养是保障胃肠道功能及结构正常的基础，消化道营养代谢是机体营养代谢的前提。为此我们提出“消化道营养”这一理念。“消化道营养”的核心是营养素-微生物-宿主互作。胃和小肠中的微生物数量相对较少，但是我们发现小肠微生物在营养素特别是蛋白质和氨基酸代谢方面起重要作用，小肠微生物与肠上皮细胞在氨基酸代谢中存在分工协作作用。瘘管猪研究表明，增加日粮肽含量，促进胃肠运动，提高小肠微生物碳水化合物代谢，进而促进小肠健康。通过瘘管猪靶向干预大肠微生物代谢研究表明，增加后肠碳水化合物含量，促进微生物碳水化合物代谢：通过胆汁酸代谢，促进后肠健康以及机体整体代谢；通过减少微生物对芳香族氨基酸代谢，提高芳香族氨基酸在大肠-血液-下丘脑循环浓度，促进下丘脑神经递质表达。这些研究表明肠道微生物组在消化道营养过程中起重要作用。