随着DNA测序技术的发展，人们对肠道菌群的物种组成及其变化可以进行较为直接的研究。但目前仍然缺乏能够直观获取各类细菌在肠道内生物活动信息的研究方法，因此对一些关键的科学问题无法进行深入研究，例如外源细菌在肠道内的成活和定植情况，各类细菌、尤其是体外难培养细菌如何进行生长和分裂，细菌在肠道内的生长代谢活性如何受内外源因素的影响等。在本次报告中将介绍我们通过化学生物学的分子探针工具在活体中进行肠道菌群代谢标记开展的如下几项研究：（1）植入菌群体内成活分析的新方法；（2）不可培养肠道细菌的在体生长分裂模式研究；（3）肠道细菌在体代谢活性的直接定量新方法开发；（4）选择性细菌亚群标记探针的开发。这一系列新的化学探针工具与研究策略，不仅拓展了化学生物学的研究领域，也将为真正揭示菌群在肠道内的复杂微生物活动提供有力的帮助。